Nel 1806 le autorità pubbliche decisero di aprire un piccolo ospedale presso la Torre del Battello della Vittoria, per i carcerati ammalati. Non potendo disporre di denaro liquido, i fondi che la "Cassa Regia" aveva destinato per i ricoverati erano minimi. A garantire il funzionamento, fu chiamato il giovane don Gaspare per l'interesse e l'impegno che aveva prodigato per questa umanità umiliata e sofferente. Se era difficile l'incontro con i "sani", diventava ostico quello con gli "ammalati": ogni speranza andava delusa, si moltiplicavano le imprecazioni per una vita avara di soddisfazioni, si malediceva Dio per un destino così amaro. Ci volle tutta la pazienza e la carità del giovane prete per dare un po' di serenità ad un ambiente votato alla disperazione e alla morte. Non si perse d'animo: col medico preposto alla cura degli ammalati, il dottor Giuseppe Barbieri, iniziò un'opera di assistenza e di conforto che portò un po' di serenità e di rassegnazione in tante anime in pena. Non si limitava alle parole: quel poco ormai che aveva, lo impegnava per far arrivare ai più bisognosi qualche minestra di fagioli calda o qualche polenta.

Un'attività così frenetica potrebbe far pensare ad un uomo di poca preghiera. Non fu così in don Gaspare. Oltre ai consueti momenti della celebrazione della messa, della meditazione, della lettura spirituale, della recita del Rosario e della visita eucaristica, il giovane prete sapeva sacrificare i momenti del sonno per immergersi nella contemplazione del mistero di Dio. Ce lo confermano le annotazioni che a partire dal primo luglio del 1808 consegna al suo "Memoriale privato": un diario spirituale che non supera complessivamente le venticinque pagine, ma fondamentale per capire l'anima di questo santo. Il cammino di perfezione che il Bertoni si era posto come obiettivo fin da ragazzo, conosce in questo periodo tappe sempre più profonde e significative.

"Cercar Dio solo, veder Dio in tutte le cose: questo è un farsi superiore a tutte le cose umane" (30 luglio 1808). È la traduzione concreta, nella vita, delle parole di Gesù: "Voi siete nel mondo, ma non siete del mondo".

A fissare le tappe nel cammino verso la santità deve aver contribuito il clima di impegno sociale e religioso che alcune persone di spicco portavano avanti con coraggio e coerenza nella Verona dell'inizio Ottocento. Abbiamo visto don Gaspare ancor giovane studente di teologia unirsi alla "Evangelica Fratellanza" fondata, per l'assistenza gratuita agli ammalati, da don Pietro Leonardi, che assieme a don Carlo Steeb si prese a cuore la cura dei poveri e dei sofferenti. Oggi il carisma di don Leonardi continua nell'opera caritativa delle "Figlie di Gesù", mentre l'amore e la dedizione per gli ultimi, propri di don Carlo Steeb, si ritrovano nella presenza instancabile e preziosa accanto agli ammalati di ogni lingua e razza delle "Sorelle della Misericordia".

Più tardi il Bertoni avrà modo di accostare altre due anime grandi della Verona di allora: Maddalena di Canossa e Leopoldina Naudet.

L'8 maggio del 1808 le due donne entravano insieme nel convento dei Santi Giuseppe e Fidenzio per avviare due opere distinte: la prima creava l'Istituto delle Canossiane che si sarebbero prese cura delle ragazze povere ed abbandonate, la seconda meditava la fondazione di un'opera per l'educazione e la formazione per lo più di ragazze di famiglie agiate e nobili.

Don Gaspare, prete poco più che trentenne, fu nominato primo confessore e direttore spirituale dell'opera.

Città di confine, contesa da francesi ed austriaci, Verona era destinata a non conoscere una pace duratura ancora per diversi anni. Eserciti in assetto di guerra la attraversavano continuamente e i feriti dai vari fronti giungevano sempre più numerosi negli ospedali della città. La disfatta del principe Eugenio il 6 aprile 1809, faceva presagire una rotta di tutto l'esercito francese. Erano in molti, soprattutto in ambito ecclesiastico, a sperarlo anche perché l'anno prima Napoleone, attraverso il generale Mollis, aveva fatto occupare parte dello Stato Pontificio e costretto Pio VII all'esilio forzato a Savona. L'anticlericalismo, che fondava le sue radici nelle nuove dottrine dell'illuminismo e della rivoluzione, si andava radicando anche negli strati più aristocratici della città. I continui successi militari del generale Bonaparte parevano confermare sul campo la bontà delle nuove dottrine.

L'esperienza degli Oratori aveva avuto una brusca frenata ancora nel maggio 1807, quando un decreto del governo italico aveva proibito in tutto il Regno "le confraternite, le congregazioni, le compagnie ed in genere tutte le società religiose laicali...".

Il Bertoni dovette togliere ogni forma di organizzazione esterna e continuare l'attività solo in ambito parrocchiale anche perché divenne un sorvegliato speciale del direttore di polizia, Alessandro Torri, che non tralasciò " diffide, minacce, sospetti, note di vigilanza particolare su don Gaspare Bertoni".

L'impegno ridotto degli Oratori gli permetteva un'assistenza più continua ai feriti e malati che continuamente giungevano in città. Ormai gli ospedali non erano più sufficienti per contenere il numero crescente dei pazienti. Furono i conventi e le chiese allora che aprirono le porte per accogliere i bisognosi. Don Gaspare, che conosceva bene il francese, si mise a disposizione della "Fratellanza degli Spedaglieri" per ogni necessità.

L'esperienza con i feriti gli suggerirà un'immagine plastica per il suo "Memoriale privato" (6 marzo 1809). "Il mondo presente è un grande ospedale di infermi: tutti si lagnano e nessuno guarisce sebbene sia pronta la medicina. Questa è l'orazione: la quale o non si fa o si fa male".

Il suo impegno era dettato dalla volontà di conformarsi in tutto a Cristo Signore.

"Dio - scriveva il 16 febbraio 1809 - non ci giudicherà secondo le massime del mondo e neppure secondo le opinioni di alcuni teologi più benigni, ma secondo il Vangelo".

Agli inizi del 1810 il Bertoni veniva colpito dal lutto familiare più grande: in poche settimane la mamma Brunora, affetta da idropisia al petto, si aggravava rapidamente. Il figlio, che aveva sempre dimostrato un attaccamento profondo alla madre, non fece mai mancare la sua presenza amorosa e tenera al capezzale dell'inferma. Negli ultimi anni era diventato anche il suo confessore per cui, quando fu il momento, don Gaspare le amministrò gli ultimi sacramenti e tutti i conforti della fede. La Signora Brunora Ravelli si spegneva serenamente alle 7.30 del 6 febbraio 1810.

Dopo la morte della madre, don Gaspare decise di andare a vivere con la sorella di lei, la zia Rosa Ravelli, sposa di Giuseppe Scudellini, alla destra dell'Adige, nel palazzo Rizzardi, la cui facciata da’ sullo stradone San Fermo.

Molte cose stavano cambiando nella vita di don Bertoni, anche per le vicende politiche che continuavano a turbare l'Italia in quel periodo.

Il 25 aprile del 1810 Napoleone, con un decreto di soppressione di tutti gli ordini religiosi maschili e

femminili, infliggeva un colpo durissimo alla vita stessa della Chiesa. L'intento era quello di colpire le forze religiose più vitali per addomesticarle alla sua volontà.

I pericoli che ne derivavano erano molti. All'interno della Chiesa stessa non mancavano divisioni e sfasature: cardinali rossi o neri, a seconda della loro adesione al Papa o all'Imperatore; sacerdoti interessati più alla carriera o all'accumulo di ricchezze che al servizio pastorale; fedeli sconvolti dall'incredulità e dal malcostume. Si rendeva sempre più urgente un profondo rinnovamento che partisse prima di tutto dall'interno stesso della Chiesa.

Verona non era esente da tali pericoli: il 26 gennaio 1809 il Vescovo Liruti (succeduto ad Avogadro nel 1808) aveva emanato una lettera pastorale in cui proibiva ai sacerdoti di "andare in maschera, di frequentare teatri, commedie e balli" sotto pena della sospensione immediata "a divinis" (la proibizione di esercitare il ministero sacerdotale).

La stessa vita del seminario era stata seriamente compromessa da un pessimo pro-rettore, don Giuseppe Velli, che fu allontanato dal suo incarico con l'intervento della polizia. Il padre Cesare Bresciani, riferendosi nel 1806 alla vita del seminario, scriveva: "Non si poteva dire che quello era un seminario di disciplina e di giustizia, ma piuttosto un miscuglio di corruzione dei costumi e di disordine". È facile immaginare in quale situazione si trovassero i chierici e come le ferite illuministiche fossero ancora aperte. Fu allora che il Vescovo pensò a don Gaspare.

All'inizio di maggio del 1810 mons. Liruti parlò al Bertoni, manifestandogli il proposito di affidare alla sua sapienza e capacità di discernimento la direzione spirituale dei chierici. Il nostro santo tentò a più riprese di presentare le difficoltà e i limiti della sua persona per un incarico così delicato, ma la fermezza del Vescovo non conobbe ostacoli.

Iniziò il nuovo impegno con la predicazione degli esercizi spirituali nel settembre di quello stesso anno. Erano presenti 143 studenti interni e 25 esterni di cui 60 in teologia, oltre a diversi sacerdoti che approfittarono di quella occasione per ritemprare il loro spirito.

Il Bertoni senza mezzi termini denunciò la situazione pesante di alcuni ecclesiastici di vita mondana, fatta di frivolezze e di vanità. Ma c'era un'altra cosa che lo infastidiva: l'abitudine di alcuni membri del clero di andare a "mendicare aiuti e protezione presso i ricchi e i potenti a prezzo di un servilismo degradante ". Don Gaspare, che attraverso la preghiera aveva raggiunto un'unione con Dio veramente intensa e singolare, non fu capace di risparmiare duri rimproveri a chi non sapeva dare un po' del proprio tempo a Dio.

"I chierici – scriveva - si esercitano negli studi, non nell'orazione". E ancora: "Rarissimi sono coloro che meditano ai nostri giorni e si burlano facilmente e trattano da spirituali coloro che si occupano di questo santo esercizio".

Per anni il Bertoni svolse questo incarico di direttore spirituale. Accanto alla confessione e al dialogo personale, ogni domenica mattina in seminario dettava la meditazione.