Nel racconto di uno dei suo figli spirituali più cari, il padre Bragato, si legge. "Voi sapete che il nostro venerato padre don Gaspare tenne per molti anni una meditazione di buon mattino ogni domenica a tutti gli alunni chierici del seminario. Egli si portava al seminario la sera prima dove trovava allestita per lui una stanza con un buon letto, vicino alla cappella. Ora sappiate che una volta io fui invitato a tenergli compagnia assieme a don Gramego. Verso le nove di sera partimmo tutti verso il seminario : via facendo potemmo comodamente recitare in comune le orazioni della sera. Giunti in seminario ed entrati nella stanza di don Gaspare, dopo qualche chiacchiera, egli ordinò a don Gramego e a me di coricarci. Coricati che fummo, don Gaspare si mise a capo del letto, disse le parole del Salmo "in pace in idipsum dormiam et requiescam" (Sal.4,9 = in pace mi corico e subito si addormento) e spiegando queste parole ci tenne uno di quei discorsetti che voi sapete, pieno di unzione e di sapienza. Ciò fatto, preso il lume, si portò nella vicina cantoria della Cappella a meditare davanti al Santissimo Sacramento la meditazione che doveva fare la mattina dopo ai chierici. Abbandonata verso le ore dieci la camera, io non so se vi sia più ritornato. Noi ci abbandonammo ad un dolce sonno e, svegliati al mattino, non vedemmo don Gaspare che in Cappella. E questo credo che fosse il suo costume in tutte le notti del sabato".

Il rinnovamento del seminario non fu facile: costò fatica e preghiere continue al Bertoni ma anche consolazioni, se lo storico Sommacampagna nel 1815 poteva scrivere: "Il Seminario è un monastero di monaci più che di giovani ecclesiastici" tanto traspariva l'ordine, la disciplina e gli ideali più sublimi dei consigli evangelici.

A contatto con queste esperienze cominciò a fasi luce nel Bertoni l'idea di una fondazione. E' in questo periodo che con più assiduità egli cominciò a radunare in casa sua alcuni preti, prendendo come pretesto lo studio della teologia. I primi furono Matteo Farinati, Gaetano Allegri e Giovanni Maria Marani, cui si aggiunsero in seguito Nicola Mazza e Luigi Bragato. Non erano solo approfondimenti biblici o sulla teologia morale di San Tommaso o di Sant'Alfonso, ma letture anche di classici della letteratura italiana: Dante, l'Ariosto, il Tasso.

La cautela tuttavia non era mai troppa. La polizia vigilava su ogni raduno sospetto: ogni incontro, fosse anche per svago o divertimento, era proibito.

L'esperienza comunitaria matura lentamente nel Bertoni il desiderio di condividere con altri preti e chierici uno stile di vita religiosa più intensa. Si fa più chiara l'opera a cui Dio sta per chiamarlo: vivere con alcuni fedelissimi lo spirito dei consigli evangelici. È straordinaria la carica profetica che l'accompagna: in un periodo in cui tutti gli Ordini religiosi sono soppressi e tutte le istituzioni cattoliche sono messe al bando, egli avvia un'esperienza, solo parziale al momento, di vita comunitaria, di confronto e di impegno con alcuni tra i più zelanti ecclesiastici di allora.

Leopoldina Naudet era nata a Firenze nel 1773 da padre francese e madre austriaca, addetti alla corte del granduca Leopoldo I di Toscana. Divenuta con la sorella Luisa istitutrice dei figli più piccoli dell'arciduca, seguì a Vienna Leopoldo quando salì al trono imperiale. Dopo la morte dell'Imperatore, si trasferì nel palazzo reale di Praga per dare avvio nel 1799 all'opera delle "Dilette di Gesù "che aveva per scopo l'educazione delle ragazze nobili. Dopo alterne vicende e peregrinazioni per tutta Italia per trovare una giusta sistemazione, su invito del Canonico Luigi Pacifico Pacetti, Leopoldina si trasferì nel maggio del 1808 a Verona per collaborare con la Marchesa Maddalena di Canossa nell'opera che allora stava avviando per l'accoglienza e l'educazione delle ragazze povere della città. Confessore al Ritiro di S. Giuseppe era don Gaspare: per vie misteriose Dio aveva fatto incontrare il Bertoni e la Naudet che avrebbero dato vita a due diverse opere, a pochi metri l'una dall'altra: quasi un unico Istituto, tanto simili per stile, vita e campi di apostolato. Don Gaspare in questi anni sarà il direttore spirituale fidato e saggio di Leopoldina tanto che i suoi orientamenti e consigli saranno determinanti nell'avvio dell'opera della Sacra Famiglia.

La vita di alcuni preti veronesi continuava ad essere poco esemplare. Il Vescovo Liruti, uomo di polso e pastore zelante, superate alcune esitazioni che gli derivavano dal timore di intromissioni e proteste laicali, rinchiuse alcuni di questi Ecclesiastici in seminario perché attraverso la penitenza e la conversione, ritrovassero le motivazioni profonde della loro vocazione sacerdotale.

L'ultimo fatto che lo decise alla drastica soluzione fu una comunicazione del giudice istruttore Marani che il Vescovo ricevette il 4 novembre 1812. Veniva informato che il sacerdote Angelo Allegri, ex frate dei Gerolamini della Vittoria, era stato rinchiuso in carcere per aver avvelenato la propria madre nel tentativo di procurare la morte al fratellastro. Proprio in quell'anno, il 21 aprile, durante la visita pastorale a Isola della Scala, il Vescovo annotava in un suo registro particolare: "Allegri, di messa strapazzata... Allegri va a giocar al caffè, fa contratti più che usurai". Fu proprio la sete di denaro che suggerì a questo sciagurato l'avvelenamento del fratellastro, ricco possidente di Pescantina. A morire, per sbaglio, fu invece la madre.

Il Bertoni, verso la fine di ottobre di quell'anno, fu colpito da una gravissima malattia infettiva, la miliare, con "febbre alta, vivo senso d'angoscia precordiale, costrizione epigastrica ed esantema mobiliforme terminante in desquamazione" come diagnosticò il medico di famiglia, lo zio dottor Ravelli. In pochi giorni fu in fin di vita. La sera del 25 ottobre dettò le sue ultime volontà al notaio Gianfranco Buongiovanni presenti don Nicola Galvani, don Matteo Farinati, don Gaetano Allegri e don Michele Gramego.

Il suo primo biografo ricorda che "sebbene giovane sacerdote, don Gaspare era in tanta stima e venerazione presso il clero, in tanto affetto e devozione tra il popolo, che fu un pregare concorde perché il Signore donasse la salute ad un ministro così operoso, ad un'anima così cara e preziosa".

Due giorni dopo don Gaspare era fuori pericolo: il progetto a cui Dio lo stava indirizzando era stato appena abbozzato e non era ancora giunto il momento della chiamata definitiva.

Una delle prime visite dopo la malattia fu al Vescovo. Quando mons. Liruti lo vide in episcopio, si rallegrò per la prova superata e gli confidò che stava meditando di affidare alla sua direzione spirituale oltre ai chierici, anche quei sacerdoti che egli aveva rinchiuso in seminario per correzione. Il nuovo incarico gli impedì di continuare il servizio di confessore al Ritiro di San Giuseppe. Ora il suo interesse era rivolto quasi esclusivamente al seminario: Dio l'aveva chiamato ad un ministero impegnativo e delicato, alla guida di anime sante, ma anche di impenitenti incalliti.

Don Gaspare lo sperimentò direttamente quando l'ex prete Angelo Allegri fu condannato a morte per l'avvelenamento della madre. Lo sciagurato non voleva ravvedersi in nessun modo. Alcuni sacerdoti tentarono invano di avvicinarlo per convincerlo ad implorare il perdono di Dio. Lo scandalo in città era grande. Alla fine il Vicario generale Mons. Dionisi decise di rivolgersi al Bertoni in un estremo tentativo di ricondurre quell'anima alla grazia di Dio.

Il 25 giugno del 1813, di buon mattino, dopo aver celebrato la messa e aver sostato a lungo in preghiera, don Gaspare si diresse alla prigione. Quando l'Allegri lo vide, fu talmente scosso dalla visita inaspettata che esclamò: "Ecco. questi è colui che mi mette in grazia di Dio!" Che cosa il condannato avesse visto in quest'umile prete dimesso, non ci è dato di conoscerlo. Sappiamo che quando l'Allegri era padre sacrista della chiesa di santa Maria della Vittoria, aveva avuto modo di conoscere direttamente lo zelo e la pietà del Bertoni.

Quel mattino l'ex prete si buttò in ginocchio e tra le lacrime depose il pesante fardello dei suoi peccati ai piedi di quel santo. Qualche giorno dopo, l'8 luglio, alle due del pomeriggio, la sentenza capitale veniva eseguita in piazza Navona (ora Viviani).

Le vicende politiche per Verona stavano nuovamente cambiando. I rovesci napoleonici avevano determinato una nuova geografia che vedeva ora l'Austria dominare la scena europea. Il 4 febbraio 1814 gli austriaci entravano da vincitori in Verona per prendervi stabile possesso. Il Congresso di Vienna che aveva costituito il Regno Lombardo-Veneto come propaggine dell'impero austro-ungarico, era stato salutato entusiasticamente dalla maggior parte dei veronesi. Il Vescovo Liruti ringraziava in un suo messaggio l'Augusto Imperatore Francesco I perché con il nuovo assetto politico aveva portato "cieli nuovi e terra nuova a Verona". Durò poco tuttavia questo entusiasmo perché il Vescovo si rese conto ben presto di quanto pesanti fossero le ingerenze dell'autorità civile in materia religiosa.

La mutata situazione politica aveva ridato respiro a molte delle iniziative cattoliche. Così ripresero vita anche gli Oratori mariani che avevano conosciuto anni di silenzio e di inattività in tutta la città.

Con la caduta del dominio francese, don Gaspare si buttò nuovamente nell'attività con i giovani. A dire il vero, non aveva mai tralasciato questa particolare attenzione perché già nel 1810, poco dopo il suo arrivo a San Fermo, aveva avviato nella parrocchia un Oratorio mariano, anche se l'attività era alquanto ridotta a causa della continua sorveglianza della polizia.

Da san Fermo partì poi la spinta per la diffusione degli Oratori in tutta Verona.

"Non vi era chiesa della nostra città - narra il biografo - o parrocchiale o sussidiaria che non avesse aperto un Oratorio ai propri giovani".

La grave malattia che l'aveva colpito nel 1812 non era stata del tutto vinta. Nell'estate dell'anno successivo lo troviamo convalescente per un breve periodo a Colognola ai Colli, dai conti Nichesola, suoi zii. Così nel 1814, e poi nel 1815, altre ricadute gli fecero comprendere che la sua salute doveva essere riguardata. Alla Naudet scrive in quel periodo: "Io mi vado rimettendo pian piano. Vostra Signoria preghi, per carità, ch'io cavi frutto dalla scuola che il Signore si degna di farmi" (1 giugno 1814).

La sofferenza è vista come una scuola che Dio sta facendo al suo alunno: un tema che diventerà caro al Bertoni perché gran parte della sua vita sarà segnata da sofferenze e dolori di ogni genere.

Il 1816 segnò una svolta decisiva nella vita di don Gaspare. L'idea di dare avvio ad un'esperienza di vita religiosa con alcuni compagni si faceva ogni giorno più chiara. Nel 1814 erano stati ordinati sacerdoti quattro suoi discepoli che, in diversi modi, si sarebbero profondamente legati a lui. Erano i chierici Nicola Mazza, Giovanni Maria Marani, Luigi Bragato e Gaetano Brugnoli. Il primo avrebbe dato vita ad un'opera particolare in favore dei giovani, capaci ma poveri, che diversamente non avrebbero avuto modo di completare gli studi. Gli altri tre sarebbero stati tra i primi compagni alle Stimate.

Nel maggio del 1816 un'altra esperienza particolare illuminò il progetto che pian piano Dio stava rivelando a don Gaspare: la grande missione di San Fermo. Collaboratore del canonico Luigi Pacifico Pacetti, missionario apostolico (titolo con cui la Santa Sede insigniva chi predicava le missioni al popolo), il Bertoni nell'occasione lo seppe affiancare "nella felicità dell'esposizione e lo superava nell'unzione e nell'indurre l'uditore ad effettuare il proposto ravvedimento" (Padre Cesare Bresciani, suo contemporaneo). Lo stesso Bresciani testimonia come nella circostanza vide accorrere presso il Bertoni, desiderosi di ascoltarlo, personaggi illustri del mondo di allora: il Pindemonte, il Del Bene, l'Avesani, il Trevisani e il Cesari.

Fu una missione che la città di Verona ricordò a lungo per il grande bene che operò tra i fedeli. Il progetto del Bertoni si arricchiva di un nuovo campo di apostolato: la predicazione delle missioni al popolo.